2021年7月16日，植物遺傳育種領域的傳統期刊Theoretical and Applied Genetics的134卷第8期上發表了我校棉花遺傳改良團隊題為“Genome-wide association mapping for agronomic traits in an 8-way Upland cotton MAGIC population by SLAF-seq”的論文，該研究利用MAGIC群體和全基因組關聯分析解析和挖掘了部分棉花重要農藝性狀的遺傳位點和基因。
供圖1. MAGIC群體篩選過程
該研究基于一個8親本的陸地棉MAGIC（multi-parent advanced generation intercross）群體（長江大學李定國創建），從960份MAGIC自交系中通過表型和SSR基因型挑選出具有代表性的372份材料（SMLs）。利用SLAF-seq技術對372份材料和8個親本進行SNP基因型檢測，篩選獲得60,495個有效SNPs；結合3年6個環境的表型數據，對9個重要農藝性狀進行GWAS，以連鎖不平衡衰減區間作為參考值，共鑒定到117個QTL位點；有3個QTL位點在多個環境中表現穩定，11個QTL位點與多個性狀相關。利用基因組織表達量數據，從QTL候選區間鑒定到154個與關聯農藝性狀的相關組織特異表達的基因。另外，參考已有的棉花基因功能研究報道，從QTL候選區間内篩選出8個功能已知的候選基因。其中，GhACT1和GhGASL3兩個基因已報道與棉花纖維發育相關，位于纖維伸長率的QTL候選區間内。
供圖2. 纖維伸長率的QTL定位
棉花作為重要的經濟作物，關系到紡織業和民生，其農藝性狀決定棉花的經濟效益，這些性狀受複雜的多基因控制，挖掘這些性狀的遺傳基礎對開展棉花遺傳育種及品種改良具有重要指導意義。
該論文第一作者為已畢業博士黃聰，現工作于宜昌市農業科學研究院，主要從事特色蔬菜品種選育和栽培技術研究，承擔省級項目2項，市級項目1項，編寫實用技術書籍2部，獲湖北省科技進步二等獎、宜昌市五四青年獎章等榮譽。我校林忠旭教授和長江大學李定國副教授為共同通訊作者。該項工作得到了國家自然科學基金的支持（項目批準号31371674）。
全文鍊接：https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-021-03835-w
