1．玉米S組CMS胞質育性相關基因基于SSP-PCR的遺傳多型性研究。李鐳、鄭用琏、張方東，作物學報, 2000, 11月，Vol.26(6):682-686
2．玉米S組細胞質雄性不育線粒體R區序列與多型性分析。張方東、鄭用琏，遺傳學報, 2000, 9月，Vol.27(9):824-833
3．玉米S組CMS線粒體基因組細菌人工染色體文庫的構建。張方東、鄭用琏、曹志剛，科學通報, 2000, 4月,Vol.45(7):729-734。
4．Construction of a bacterial artificial chromosome library of S-type CMS maize mitochondria. ZHANG Fangdong, ZHENG Yonglian & CAO zhigang, Chinese science Bulletin, 2000, 9月， vol.45(18):1692-1697.
5．紅蓮型細胞質雄性不育水稻線粒體DNA的RFLP分析。李小明、鄭用琏、張方東、朱英國，遺傳，2000，4月，22(4)：201-204。
6．玉米CMS線粒體DNA R多型性分析及物理圖譜構建。張翅、張方東、鄭用琏，遺傳學報，2002，3月，29（3）：273－277。
7．玉米CMS分子生物學研究進展。張祖新、張方東、鄭用琏。遺傳, 2002 24(5):601-606。
8．功能基因組學及其研究方法。張祖新、張方東、鄭用琏，作物學報，2003，3月，29（2）：194－201。
9．玉米S型CMS線粒體DNAR區及其orf77 的表達研究。張賽群，張方東，肖海林，鄭用琏, .遺傳學報，March 2003, 30(3):277-282.
10. R Region of S Type of Cytoplasmic Male Sterility in Maize Mitochondrial DNA is Transcribed in Both Directions and May Be Associated with Male Sterility. ZHANGSai-Qun, ZHANG Fang-Dong, XIAO Hai-Lin, ZHENG Yong-Lian . Acta Botanica Sinica, 2004，March 46(3)：337-341
11. 玉米S型線粒體DNA中R區轉錄的組織特異性。張賽群，張方東，肖海林，鄭用琏, 作物學報，2004，July30(7)：629-633
12. DNA芯片技術在植物功能基因組研究中的應用。生物技術, 張祖新，張方東，鄭用琏， 2003.8 13(4):38－39。
13. Construction and Characterization of Normalized cDNA Library of Maize Inbred MO17 from Multiple Tissues and Developmental Stages，Z. X. Zhang, F. D. Zhang, W. H. Tang, Y. J. Pi1, and Y. L. Zheng， Molecular Biology, Vol. 39, No. 2, 2005, pp. 177–184.
14. Fertility Restoration Mechanism in S-Type Cytoplasmic Male Sterility of Maize (Zea mays L.) Revealed Through Expression Differences Identified by cDNA Microarray and Suppression Subtractive Hybridization. ZUXIN ZHANG, WANHU TANG, FANGDONG ZHANG and TONGLIAN ZHENG, Plant Molecular Biology Reporter 23:1-23, March 2005.
15．玉米細胞抽提物在寡核苷酸指導的基因修複中的作用。唐忠輝; 鄭用琏; 張方東(通訊作者)。作物學報，2005 31(12)：1531-1536。
16. 玉米CMS-S小孢子敗育過程中的細胞程序性死亡。 穆蕊 張祖新 張方東 鄭用琏。作物學報 2006 32（5）：666－671。
17. 玉米O2/o2近等基因系胚乳中基因表達差異分析。陳旋 皮遠江 方明鏡 楊文鵬 鄭用琏 張方東(通訊作者)。中國生物化學與分子生物學報 2006.10 22（10）：817－822。
18．玉米RNA helicase 基因的克隆與功能研究。 張珊珊 陶永生 鄭用琏 張方東 (通訊作者)。中國生物化學與分子生物學報 2006.8 22(8):640-646。
19．The 5′ stem–loop and its role in mRNA stability in maize S cytoplasmic male-sterility，Hailin Xiao, Fangdong Zhang and Yonglian Zheng 2006 Plant Journal 47:864-872.
20．玉米成熟胚胚性愈傷組織的誘導、高頻再生及轉化的研究, 王世玉 張方東 劉亞 趙久然 鄭用琏。作物學報 2008，34（3）：423－428(通訊作者)
21．Phosphomannose isomerase gene from Saccharomyces cerevisiae for selection in rice transformation.Tao Wang, Liangyu Liu, Xiaobo Zhang, Maidong Zhang, Yonglian Zheng, Fangdong Zhang，Journal of Integrative Agriculture 2012, 11(9):1391-1398(通訊作者)
22．利用酵母磷酸甘露糖異構酶基因作為拟南芥遺傳轉化的篩選标記。王濤 唐永嚴 劉良玉 張美冬 鄭用琏 張方東。77779193永利官网學報 2012，Vol31（5）：541-546(通訊作者) |
